Direktoratet opstod den 1. april 2000 ved en sammenlægning af EU-direktoratet og Strukturdirektoratet.

Strukturdirektoratet varetager opgaver i forbindelse med erhvervsfremme, strukturtilpasning, forskning og udvikling inden for fødevaresektoren, herunder jordbrugs- og fiskerierhvervene. Blandt opgaverne er økologisk jordbrug, miljøvenlig jordbrugsproduktion, non-food, produktudvikling og fødevareteknologi. Strukturdirektoratet varetager endvidere opgaver vedrørende landbrugsloven, jordfordeling, fysisk planlægning, areal- ejendoms- og byggeadministration, fondsadministration og støtte til østlandene.

Strukturdirektoratet administrerer den statslige udviklings- og arealstøtte til økologisk jordbrug. Er desuden sekretariat for Det Økologiske Fødevareråd.

Strukturdirektoratet har 195 medarbejdere og har hovedsæde i København og et kontor i Tønder.